Fondata da coloni calcidesi provenienti dall'isola di Eubea col nome di Zancle, nel V sec. a.C., successivamente all'invasione dei Messeni, mutò la sua denominazione in Messanion. Fu conquistata dai Romani nel 264 a.C. e, successivamente, da Bizantini, Arabi, Normanni, Svevi, Angioini, Aragonesi e Spagnoli.
Separata dal continente da appena 5 km di mare, tanto da essere chiamata anche "la porta della Sicilia", fu quasi completamente rasa al suolo dal rovinoso terremoto-maremoto del 1908.
La principale opera artistica della città è il Duomo che conserva il suo impianto normanno, nonostante i necessari rifacimenti in seguito al terremoto del 1908. La facciata presenta un bel portale in stile gotico, mentre nell'interno, tripartito da una doppia fila di 13 colonne con arcate ogivali, si possono ammirare mosaici (sec. XIV e rifacimenti), alcuni monumenti funebri, tra cui quello di Guidotto de Tabiatis arcivescovo di Messina nel XIV secolo ed alcune statue di santi, in particolare il S. Giovanni Battista di Antonello Gagini del 1525. Anche il campanile, ricostruito agli inizi del XX secolo, riprende le linee normanne e rappresenta una delle maggiori attrattive della città, grazie al singolare meccanismo del suo orologio che, oltre a segnare le ore, mette in movimento statue e ingranaggi meccanici che rievocano episodi astronomici, religiosi e cittadini.
La struttura originaria della Chiesa di Santa Maria degli Alemanni risale al XIII secolo e si ritiene fondata dai cavalieri teutonici, ordine voluto a Messina da Federico II di Svevia. Si tratta dell'unico esempio di architettura gotica siciliana, probabilmente realizzata grazie al contributo di maestranze provenienti dal nord Europa.
La Chiesa di San Francesco d'Assisi, completamente ricostruita dopo il terremoto del 1908, conserva della struttura originaria i tre absidi, il rosone del prospetto principale ed i due portali. Nella sua secolare storia fu arricchita da molte opere d'arte: tavole di scuola di Antonello da Messina, dipinti di Mariano Riccio, Alonso Rodriguez, Deodato Guinaccia ed un quadro raffigurante San Francesco che la tradizione vuole opera di Salvatore degli Antonii padre di Antonello.
La Chiesa della SS. Annunziata dei Catalani sorge, secondo la tradizione, sulle rovine del tempio di Nettuno. La pianta è a basilica di tipo bizantino divisa in tre navate con alta cupola. L'esterno è incorniciato da due ordini di colonne ornate con eleganti capitelli e collegate fra loro da archi bicolori intarsiati. Suggestivo l'interno con le influenze arabo-bizantine dei capitelli e le colonne incassate nell'abside.
Monte di Pietà è un palazzo tardo-manierista, preceduto da una scenografica scalinata, gravemente danneggiato dal terremoto del 1908 che ha fatto crollare il piano superiore, conferendo all'insieme un senso di incompiuto. E' attualmente utilizzato come auditorium.
Tra le principali fortificazioni della città di Messina, qui menzioniamo il Castel Gonzaga, costruzione risalente alla metà del XVI secolo e progettato dal Ferramolino, la Real Cittadella, a pianta stellare costruita dopo la rivolta dei messinesi contro gli spagnoli, il Forte San Salvatore, situato sull'estrema punta della falce del porto con la statua benedicente della Madonna della Lettera posta sulla torre campana, ed il Castello Roccaguelfonia o Matagrifone, la cui fondazione, quasi certamente, cammina di pari passo con quella della città.
La Fontana di Orione, al centro di Piazza del Duomo, è opera dell'architetto toscano Montorsoli e commemora l'apertura di un acquedotto; rappresenta i quattro fiumi, Tevere, Nilo, Ebro e Camaro, quest'ultimo fiume messinese le cui acque furono incanalate nel nuovo acquedotto.